疙瘩瘟的貽害遠比他們想象中還要嚴重, 后續數年間仍然難以恢復。因為疫病橫行，不村鎮了空城。戶丁銳減，小兒幾乎絕跡。匪患也日益嚴重, 不匪首甚至四收攏流民，揭竿起義。以致各地戰不斷。大片田地荒廢無人耕種。
人頭不足, 田地無人耕，地方賦稅難以收齊, 國庫越發空虛, 戶部艱